Permusuhan rakyat Makassar dengan VOC terjadi sejak tahun 1616. Pada saat itu pembesar Makassar diundang dalam suatu perjamuan di atas kapal VOC. Namun dalam keyataannya mereka dilucuti sehingga terjadilah perkelahian seru yang menimbulkan banyak korban di pihak Makassar. Sejak saat itu, orang-orang Makassar membenci VOC.
Pada tahun 1634, VOC mengadakan blokade terhadap Makassar, tetapi tidak berhasil. Sebaliknya, di Buton bayak terjadi pembunuhan terhadap orang-orang VOC. VOC mengalami kesulitan dalam menundukkan Makassar sehingga diadakan perjanjian perdamaian yang berlangsung tahun 1637 - 1654.
Perjanjian damai antara Makassar dan VOC banyak dilanggar oleh VOC sendiri. Akhirnya perang terbuka meletus pada awal tahun 1654 sampai dengan tahun 1655. Pertempuran terjadi di berbagai tempat seperti di Gowa, Buton, dan Maluku secara serentak. VOC harus membagi kekuatan menjadi tiga bagian padahal tempatnya berjauhan. VOC yang berperang di berbagai daerah secara serentai itu akhirnya kewalahan. VOC kembali mengajak berdamai dengan perjanjian yang menguntungkan Makassar. Namun perjanjian damai itu sebenarnya hanya siasat VOC untuk mengatur strategi dan persiapan yang lebih besar.
Pada tahun 1660 VOC mengadakan serangan kembali ke Makassar. Namun VOC belum sepenuhnya menguasai Makassar. Untuk menguasai Makassar, VOC membantu Raja Bone, Aru Palaka yang bermusuhan dengan Sultan Hasanuddin (Sultan Gowa).
Pada tahun 1666 VOC bersama Aru Palaka mengadakan serangan besar-besaran terhadap Makassar dan Bonthain. Perang yang dahsyat banyak membawa korban di kedua belah pihak. Pada tahun 1667 VOC dan Aru Palaka makin meningkatkan serangan terhadap Bonthain dan Makassar. Di bawah pimpinan Speelman, VOC berhasil menguasai Bonthain. Gowa (Makassar) bertahan mati-matian, tapi akhirnya tidak mampu menghadapi serangan gabungan VOC dengan Aru Palaka. Oleh Karena itu, jatuhlah Makassar ke tangan VOC. Berakhirnya perlawanan Makassar ditandai dengan perjanjian damai yang disebut Perjanjian Bongaya (1667).
Adapun isi perjanjian Bongaya adalah sebagai berikut:
- Makassar harus melepaskan semua daerah kekuasaannya;
- Semua bangsa asing, kecuali belanda harus diusir dari Makassar;
- Makassar harus mengganti kerugian biaya perang;
- Di Makassar didirikan benteng-benteng Belanda;
- Makassar harus mengakui monopoli perdagangan VOC;
- Semua kegiatan pelayaran dan perdagangan orang Makassar harus mendapat izin dari Belanda;
- Sebagaimana jaminan atas terlaksananya perjanjian itu, beberapa bangsawan Gowa dibawa ke Batavia sebagai tawanan.